У Вас на компакте исходнике 16 бит разрешение, поэтому нет смысла задавать 24 бит хоть в WAV, хоть в FLAC. Если хотите получить качество во FLAC одинаковое с WAV, то выберите FLAC/16/44100/Uncompressed. Это несжатый FLAC. Этот пункт есть в этой программе, он в самом низу окошка. При этом вес самого FLAC-файла будет чуть больше, чем WAV. Так же там, в этой программе, есть пункты настроек уровней нормализации треков, ничего не меняйте и не используйте, будет только хуже.
Древовидный вид
