5 октября 1984, утром был схвачен посреди улицы людьми в штатском, арестован и помещен в СИЗО № 1 г. Свердловска. Было заведено уголовное дело, начинавшееся с документа именуемого "Экспертиза по песням А. Новикова". Документ содержал в себе рецензии на каждую из песен альбома "Вези меня, извозчик", написанные в оскорбительно-пасквильном тоне и общее резюме, суть которого сводилась к тому, что "автор вышеупомянутых песен нуждается если не в психиатрической, то в тюремной изоляции наверняка"! Составили её и подписали, по указке соответствующих органов, композитор Евгений Родыгин, член Союза писателей СССР Вадим Очеретин, и некто от культуры - В. Олюнин. Однако, впоследствии видя, что дело приобретает нежелательную политическую окраску, следствие отказалось от привлечения А. Новикова к уголовной ответственности за песни и пошло по пути фабрикации дела по "изготовлению и сбыту электромузыкальной аппаратуры".
В 1985 г. по приговору Свердловского суда получил 10 лет лагерей усиленного режима.
Все попытки давления на него с целью получения раскаяния и отречения от написанных песен и стихов, находясь в лагере, вынес гордо и достойно. В лагере отказался от каких-либо поблажек, от работы в клубе, библиотеке и т.д. Работал наравне со всеми заключенными, на самых тяжелых работах по разделке леса, на сплаве и строительстве, за что снискал любовь и уважение заключенных России. Отбывал незаслуженное наказание в учреждении Н-240-2/2 в г. Ивдель на севере Свердловской области. В 1990 г. Указом Верховного Совета РСФСР был освобожден, а позднее Верховный Суд России отменил приговор, признав тем самым, что 6 лет проведенные поэтом в заключении были результатом сфабрикованного дела.

С 1990 г. А Новиков - художественный руководитель Театра песни Александра Новикова, студии "Новик-рекордс". Александр Новиков был первым, кто еще в 1993 году публично выступил с осуждением позорной практики работников телевидения брать с исполнителей деньги в виде взяток за прокрутку клипов. Первым публично выступил о клановости в отечественном шоу-бизнесе и на телевидении, деградации российской эстрады. В результате этого попал в негласные списки "лиц, нежелательных к показу", что еще добавило популярности и интереса к личности А. Новикова со стороны простых граждан России.
Храм Святого Николая Чудотворца

Один из храмов монастыря на Ганиной Яме
В 1993 г. совместно с уральским мастером Николаем Пятковым разработал макеты и отлил на собственные средства 7 колоколов в дар для Храма на месте расстрела семьи Романовых, который был к тому времени еще только в проекте. Поэтому в 2000 г. во время визита в г. Екатеринбург Святейшего Патриарха Московского и Всея Руси Алексия II передал их в дар мужскому монастырю на
Ганиной Яме, построенного в честь Святых Царственных Страстотерпцев. Каждый колокол имеет имя – по именам членов царской семьи и их барельефы. Самый маленький – «Цесаревич Алексей», самый большой – «Николай II».