Это разные вещи. Format Factory - комбайн и для видео и для аудио.
FlacDrop - конвертирует только между FLAC и WAV.
Иной раз и этого достаточно. Более широкий набор форматов в
EZ CD Audio Converter 1.2.1.1 , тем более что там сейчас тоже добавили FLAC 1.3.0
Я же не пользуюсь Format Factory , поэтому про него ничего не скажу, он мне без надобности, во всяком случае в текущий момент времени.